| 1 | Salzburg | 55,0% (22) 35,0% (14) 2,5% (1) 7,5% (3) | 40 | 22,6 |
| 2 | NK Celje | 33,3% (6) 55,6% (10) 5,6% (1) | 18 | 22,8 |
| 3 | L. Zagreb | 43,5% (30) 43,5% (30) 10,1% (7) 2,9% (2) | 69 | 23,0 |
| 4 | Alkmaar | 36,8% (14) 52,6% (20) 10,5% (4) | 38 | 23,2 |
| 5 | Dynamo Kiev | 37,1% (23) 53,2% (33) 9,7% (6) | 62 | 23,2 |
| 6 | FC Flora | 40,6% (13) 43,8% (14) 9,4% (3) 6,2% (2) | 32 | 23,2 |
| 7 | Rapid Wien | 45,7% (16) 37,1% (13) 11,4% (4) 2,9% (1) | 35 | 23,4 |
| 8 | Celje | 25,0% (7) 67,9% (19) 7,1% (2) | 28 | 23,5 |
| 9 | C. Glasgow | 32,0% (16) 58,0% (29) 10,0% (5) | 50 | 23,6 |
| 10 | Midtjylland | 33,3% (20) 53,3% (32) 10,0% (6) 3,3% (2) | 60 | 23,9 |
| 11 | PAOK Saloniki | 37,3% (19) 41,2% (21) 17,6% (9) 3,9% (2) | 51 | 24,1 |
| 12 | D. Zagreb | 30,3% (20) 50,0% (33) 16,7% (11) 3,0% (2) | 66 | 24,1 |
| 13 | Kuopio PS | 26,1% (12) 56,5% (26) 8,7% (4) 4,3% (2) | 46 | 24,3 |
| 14 | Slavia Prag | 27,5% (14) 60,8% (31) 7,8% (4) 3,9% (2) | 51 | 24,3 |
| 15 | Y.B. Bern | 31,4% (11) 57,1% (20) 5,7% (2) 5,7% (2) | 35 | 24,4 |
| 16 | R. S. Belgrad | 37,2% (16) 34,9% (15) 27,9% (12) | 43 | 24,7 |
| 17 | M. Tel Aviv | 30,2% (13) 46,5% (20) 20,9% (9) 2,3% (1) | 43 | 24,8 |
| 18 | Besiktas | 37,5% (21) 35,7% (20) 23,2% (13) 3,6% (2) | 56 | 24,8 |
| 19 | FK Buducnost | 28,6% (8) 39,3% (11) 25,0% (7) | 28 | 25,0 |
| 20 | Ferencvárosi | 23,8% (10) 59,5% (25) 16,7% (7) | 42 | 25,0 |
| 21 | Djurgardens | 21,1% (8) 50,0% (19) 26,3% (10) 2,6% (1) | 38 | 25,3 |
| 22 | D. Tiflis | 27,3% (12) 43,2% (19) 15,9% (7) 2,3% (1) | 44 | 25,4 |
| 23 | L. Warschau | 32,7% (16) 34,7% (17) 20,4% (10) 12,2% (6) | 49 | 25,4 |
| 24 | Molde | 18,9% (7) 54,1% (20) 27,0% (10) | 37 | 25,5 |
| 25 | S. Tiraspol | 13,5% (5) 70,3% (26) 10,8% (4) 5,4% (2) | 37 | 25,6 |
| 26 | Benfica | 16,7% (10) 65,0% (39) 13,3% (8) 5,0% (3) | 60 | 25,6 |
| 27 | Floriana | 8,3% (1) 75,0% (9) 8,3% (1) 8,3% (1) | 12 | 25,8 |
| 28 | Dundalk | 11,8% (4) 61,8% (21) 14,7% (5) 5,9% (2) | 34 | 25,8 |
| 29 | KAA Gent | 22,2% (10) 55,6% (25) 20,0% (9) 2,2% (1) | 45 | 25,8 |
| 30 | Olympiakos | 17,0% (9) 60,4% (32) 15,1% (8) 7,5% (4) | 53 | 25,8 |
| 31 | Karabakh | 20,0% (7) 45,7% (16) 31,4% (11) 2,9% (1) | 35 | 25,9 |
| 32 | Astana | 23,5% (8) 41,2% (14) 17,6% (6) 5,9% (2) | 34 | 25,9 |
| 33 | SK SLovan | 14,7% (5) 61,8% (21) 23,5% (8) | 34 | 25,9 |
| 34 | FC Ararat-Arme | 19,2% (10) 55,8% (29) 19,2% (10) 5,8% (3) | 52 | 26,0 |
| 35 | Pilsen | 16,2% (6) 56,8% (21) 21,6% (8) 5,4% (2) | 37 | 26,0 |
| 36 | FK Rigas Futbo | 17,0% (9) 56,6% (30) 17,0% (9) 9,4% (5) | 53 | 26,1 |
| 37 | Krasnodar | 23,8% (10) 42,9% (18) 26,2% (11) 7,1% (3) | 42 | 26,1 |
| 38 | Fola Esch | 23,5% (8) 41,2% (14) 23,5% (8) 11,8% (4) | 34 | 26,1 |
| 39 | Om. Nikosia | 28,6% (10) 34,3% (12) 25,7% (9) 11,4% (4) | 35 | 26,3 |
| 40 | Linfield | 21,4% (6) 46,4% (13) 17,9% (5) 10,7% (3) | 28 | 26,3 |
| 41 | Riga FC | 18,2% (10) 50,9% (28) 20,0% (11) 10,9% (6) | 55 | 26,4 |
| 42 | Ludogorets | 9,3% (4) 62,8% (27) 20,9% (9) 4,7% (2) | 43 | 26,5 |
| 43 | Marijampole | 27,3% (9) 36,4% (12) 27,3% (9) 9,1% (3) | 33 | 26,5 |
| 44 | KF Drita | 4,3% (1) 60,9% (14) 34,8% (8) | 23 | 26,6 |
| 45 | Floriana FC | 100,0% (5) | 5 | 26,6 |
| 46 | Klaksvik | 15,4% (4) 50,0% (13) 23,1% (6) 7,7% (2) | 26 | 26,8 |
| 47 | FC Europa | 14,3% (3) 42,9% (9) 33,3% (7) 9,5% (2) | 21 | 27,0 |
| 48 | FK Sarajevo | 10,5% (2) 52,6% (10) 31,6% (6) 5,3% (1) | 19 | 27,1 |
| 49 | Brest | 14,3% (4) 39,3% (11) 28,6% (8) 14,3% (4) | 28 | 27,1 |
| 50 | Kratovo | 9,1% (1) 36,4% (4) 45,5% (5) | 11 | 27,2 |
| 51 | FK Tirana | 8,0% (2) 72,0% (18) 4,0% (1) 16,0% (4) | 25 | 27,4 |
| 52 | Cluj | 16,4% (9) 41,8% (23) 27,3% (15) 14,5% (8) | 55 | 27,6 |
| 53 | Connah's Quay | 11,1% (3) 37,0% (10) 33,3% (9) 18,5% (5) | 27 | 28,3 |
| 54 | KR Reykjavik | 12,5% (2) 25,0% (4) 25,0% (4) 37,5% (6) | 16 | 29,5 |
| 55 | Tre Fiori | 50,0% (7) 14,3% (2) 35,7% (5) | 14 | 29,9 |
| 56 | Inter Club de | 3,8% (2) 25,0% (13) 17,3% (9) 44,2% (23) | 52 | 31,9 |
Champions League-Qualifikation
